所谓有机食品，就是不使用化肥、农药及基因工程技术，遵循自然规律自然生长、出产的食物。在很多人眼里，有机食品是绝对的绿色、安全，其实这类食品也存在安全问题。

有机食品不使用化肥，但使用有机肥，人畜粪便就是最常见的有机肥。用有机废物做有机肥，要经过一个腐熟的过程，腐熟的目的一是为了提高肥效，二是为了杀灭有机肥中携带的大量致病细菌、真菌、寄生虫和虫卵。腐熟到什么时候可以用，也是有标准的，需要测试虫卵、大肠菌值等。如果腐熟时间不够，肥料不达标，细菌、虫卵就会存活下来，施入农田后，一部分附着在作物上造成直接污染，一部分进入土壤造成间接污染。这样使得有机食品本身可能携带病菌，常见的有沙门氏菌。

在生活中，充足的紫外线照射就可以杀死沙门氏菌，但有些崇尚“自然”的人，甚至不允许有机食物经过紫外线灯的辐照，认为这也违背了自然。这些崇尚自然的人，吃自然的食物，还用自然的吃法——生吃，生吃水果，生吃蔬菜，甚至生吃鸡蛋。于是，沙门氏菌难免乘虚而入。除了沙门氏菌以外，大肠杆菌同样大量存在于人和动物的粪便中，易感染有机食物。

有机食品不仅有细菌感染的问题，还有病虫害问题。不使用农药，作物很容易生虫。有虫、虫卵以及虫斑、病斑的食物，即使对人不致病，吃了对人也没有好处。由此可见，有机食品未必一定是安全的，虽然没有了化肥、农药残留问题，还会遭遇细菌、寄生虫(最常见的是蛔虫)致病的问题。

此外，还要警惕假有机食品。有机食品毕竟是少数。在最崇尚有机食品的欧洲，有机农场才占到全部耕地的2%，产值则占10%左右，因此价格高。

在市场上，如果是价格比较便宜的有机食品，或者到处都是有机食物，那就需要打个问号了。近年来，普通食品冒充有机食品、使用剧毒农药的报道也层出不穷。我们应科学地看待食品安全问题，那就是：毒性与剂量相关，化肥、农药残留只要不超标，对人体就是安全的，而如果细菌、寄生虫侵入了食品，有机食品也不等于安全食品。