如今，我国有机食品产业迅速发展。但有机食品认证过程中的不规范行为，影响了行业声誉。国外有机标准与国内有机标准的不统一也是需要协调的过程。

国家环境保护总局有机食品发展中心主任肖兴基认为，只有采取切实有效的措施，才能提高有机食品的市场诚信度、推动有机食品产业发展。肖兴基说，有机食品是最高层次的健康安全食品。有机认证作为有机产品产业链的重要环节，是连接有机产品与消费的纽带。在农村生态环境保护、农业可持续发展和食品安全保障等方面，我国有机食品认证都起到了积极作用，但我国有机食品认证也存在不少问题。

第一，部分有机产品生产企业重认证、轻贯标和咨询。与国外同类标准相比，目前，我国有机产品标准GB/T19630-2005，在一定程度上对生产企业的农业质量管理体系要求更高；而农业生产者特别是农民，在质量体系文件编制方面的力量很薄弱，且受有机农产品咨询专家数量和咨询费用的限制，部分有机农产品的生产单位重认证结果、轻咨询工作，仅邀请质量认证咨询专家编写质量管理文件，很少向生产和加工技术专家咨询，结果造成“两张皮”：写的是一套，做的是另一套，导致真正的有机生产技术水平并不高。

第二，有机食品认证工作自身的难度较大。有机产品生产是一项集管理、技术、诚信和环保于一体的系统工程。有机生产倡导不使用化学合成的肥料、农药、生长调节剂和畜禽饲料添加剂等物质，也不采用基因工程获得的生物及其产物。相对于其他传统安全食品认证特别重视终端产品的认证而言，有机产品则强调从育种、播种、病虫草害防治、收获、加工、运输到销售的全过程监控，并通过完整的记录体系来实施追踪审查。

第三，有机认证机构差异性较大。认证机构的诚信和自律是提高认证有效性的关键。当前，国家认监委根据统一的有机产品认证规章和标准，对全国有机产品认证活动进行统一管理。

第四，有机认证机构对获证企业的监管力度不够。当前，一些认证机构对获证企业重认证、轻监督，导致一些获证单位的违规行为得不到及时有效纠正，加上有机产品执法监管还没完全到位，这将影响我国有机食品的质量、认证市场的声誉和认证的有效性。